Osmanlı Devleti, Balkan Savaşı ile ilgili olarak son antlaşmayı da 13 Mart 1914’de Sırbistan ile yapmıştı. İki devletin ortak sınırı kalmadığından, bu antlaşmada daha çok Sırbistan’da kalan Türkler’in durumu konusuna yer verildi ve “Batı Trakya Geçici Hükûmeti” kuruldu. Ancak 3 ay sürebildi.

29 Eylül 1913’de Osmanlı Devleti ile Bulgaristan arasında yapılan İstanbul Antlaşması ile Edirne dahil Doğu Trakya’nın Osmanlı Devleti’ne verilmesine karşılık Batı Trakya Bulgaristan’a bırakılmıştı. “Batı Trakya Geçici Hükûmeti” bu duruma karşı çıktı ve antlaşmayı tanımadığını ileri sürdü.

Aradan geçen süre içinde Geçici Hükûmet bütün bölgede teşkilatını kurdu ve 30000 kişilik bir de savunma gücü oluşturdu. Bağımsızlığını ilan eden yeni yönetim, ilk olarak ülkenin sınırlarını belirlemiş, bağımsız devletin sembolü olan ay yıldızlı, yeşil, beyaz bayrağı resmi binalara çekmiş, 29.170 kişilik ordusunu kurup, bütçesini hazırlamış, pul bastırarak, pasaport uygulamasına geçmiştir. Bu arada Osmanlı yasa ve tüzükleri aynen kabul edilerek davalara da Garbi Trakya Adliyesi bakmaya başlamıştır. Selanik doğumlu bir Yahudi olan Emanuel Karasu (Carasso) tarafından resmi bir haber ajansı kurulmuş; Fransızca ve Türkçe olarak Müstakil-Indépendant adında bir gazete çıkarılmıştır.

Bu gelişmeler üzerine Bulgaristan, bölgede yığınak yapmaya başladı. Ancak o dönemde Osmanlı Devleti, yeni kurulan bu devlete dış baskıların da etkisiyle olumlu bakmıyordu. Buna ilaveten İstanbul’daki siyasi iktidar kavgası ve kargaşası Batı Trakya’da böyle bir bağımsız devletiyle ilgilenme olanağını ortadan kaldırmıştı. Bunun üzerine Sadrazam Sait Halim Paşa hükûmeti, “Batı Trakya Geçici Hükûmeti” üzerine baskı yaparak bölgenin boşaltılmasını sağladı. Nitekim 29 Ekim 1913 tarihinde imzalanan İstanbul Antlaşmasıyla Osmanlı hükûmeti, Batı Trakya’yı bütünüyle Bulgaristan’a bırakmıştır. 14 Kasım 1913’te Osmanlı Devleti ile Yunanistan arasında imzalanan Atina Antlaşması, Batı Trakya’da yaşayan Müslüman Türk azınlık açısından Yunanistan’a en fazla sorumluluk getiren antlaşmadır. Buna göre Yunanistan’a bırakılan topraklarda kalanların yaşam, mal, din ve gelenekleri güvence altına alınacak ve bu insanlar Yunan kökenli vatandaşlarla aynı haklara sahip olacaktır. Ayrıca dinlerinin gereklerini de açık bir şekilde yerine getirebileceklerdir.  Ayrıca 1913 Atina Antlaşması Yunanistan topraklarının hepsinde Müslüman cemaatlerin tüzel kişiliğinin tanınması açısından büyük önem taşımaktadır.