M.Ö. III. yüzyıla ait Çin kaynaklarında  ; Hun yöneticisi Modeu tarafından Kırgız toprakları zapt edilmiş ve Kırgızlar uzun asırlar boyunca birçok göçebe imparatorlukta aktif bir şekilde savaşmışlardır.

M.Ö. II. ve I. yüzyıllarda Tanrı Dağları’nın doğusuyla Tannu-ola arasındaki bölgede Kien-Kun adında müstakil bir devlet kurmuşlardır. Daha sonra Aral Gölü ve Hazar Denizi’nin kuzeyindeki bozkırlar ile Tanrı Dağlarına kadar yayılmışlar. M.S. 560’ta Köktürklere tâbi olmuşlardır. (711 yılına kadar 2. Göktürk devletine karşı düşman olmuşlarlardır. (703) yılında 2. göktürk kağanı Kapkan kağan asker toplayıp kırgızlarla savaşmış ancak başarılı olamamıştır. Bunun üzerine, Bilge kağan için yazılan taş sütun üzerine, Kırgızların kağanı Barsbekin adını yazıp; ” Biz o zaman Barsbekin kağan olduğunu kabul edip, kız kardeşimi Barsbekle evlendirdim” diye yazmaktadır. Ancak Barsbek hala 2. Göktürk devletine düşmandı. Bu yüzden, türgişlere ve Çinlilere Elçi gönderip birlik kurmayı teklif etti. (BU teklif kabul edilsede savaş zamanında yardım gelmedi). Bu durum üzerine 2. Göktürk devleti saldırıp (711) yılında Barsbekide bu savaşta öldürerek kırgızları egemenliği altına aldı. Fakat (744). yılı Uygurlar 2. Göktürk devletini yıkınca, tekrar Bağımsız olan kırgızlar, uygurların egemenliğne girmemek için, Karluk ve Çiklerle birlik kurdu. Ancak bunu öğrenen Uygurlar Çikleri (751) yılında, Kırgızları ise 758 yılında yenerek egemenliği altına aldı. 758’de Uygurların hâkimiyetine girmişlerdir. (795) yılı Uygur hakimiyetine karşı ayaklanan kırgızlar 20 yıl ayaklanmayı sürdürdüler. İç savaş nedeniyle gücünü kaybeden Uygurlar (840) yılında Uygurları yıkmışlardır. 840’ta Uygurları mağlup eden Kırgızlar, Ötüken’e yerleşerek bir devlet kurmuşlardır. Moğol imparatorluğu döneminde Çağatay ulusuna dâhil olan Kırgızlar, Asya’da Moğol üstünlüğü sona erdikten sonra, 1700 senesinde kurulan Hokand Devletinin hâkimiyetine girmişlerdir. 1867 yılında Kırgızistan’ın bir kısmı Türkistan Vilayetine bağlanmıştır. 1876 yılında Hokand tamamen Rusya’nın hâkimiyetine girmiştir. 20.yy.ın başında Buhara, Rusların hâkimiyetine girince Kırgızlar da Çarlık Rusya’sının etkisi altına girmişlerdir.