Çin’de hüküm süren Mançu İmparator Sheng Tsu döneminde Moğolistan işgal edilmiş ve Moğolistan’ın kalabalık ailelerinden Oryatların lideri Tsewang Rabdan, Moğolistan Genel Valisi olarak atanmıştır. Bu durumdan istifade etmek isteyen Rabdan, Doğu Türkistan ve Tibet üzerine yürüyerek buraları kendisine bağlamıştır. Ancak sadece belirli bir düzeyde yetki vermiş oldukları kişinin çok fazla güçlenmesini istemeyen Çinliler, 1757 yılında Doğu Türkistan’ı, ertesi yıl da Tibet’i işgal etmişlerdir. Çinliler aynı yıl geri püskürtülmüşlerse de, 1760 yılında tekrar geri gelecek ve Doğu Türkistan tarihinde hiç bitmeyecek dramatik bir Çin-Doğu Türkistan çekişmesini kesin olarak başlatacaklardır.
Çinlilerin 1757’deki ilk istilası esnasında Doğu Türkistan’da hocaların idaresi devam etmekteydi. Kalmuklardan kalan bu sisteme göre halk üzerinde nüfuz sahibi hocalar, Kaşgar, Yarkent, Turfan, Hoten gibi merkezlerin başına vali olarak atanıyorlardı; böylece hem kontrol edilmeleri hem de vergilerinin toplanması daha rahat oluyordu. Çinliler de bu sistemi geliştirip devam ettirmişlerdir.
Söz konusu hocalar, aslında parçalanmakta olan Doğu Türkistan halklarına İslam öğretisiyle birleşmeyi telkin etmeleri için Çağatay Hanedanı’nın hükümdarları tarafından davet edilmişlerdi. İslamiyet’in daha geniş kabul gördüğü Batı Türkistan’dan çağrılan Hoca Ahmed Yesevi, Hoca Bahaüddin Nakşibend, Hoca Mahmud-i Azam, Azam’ın oğlu Hoca İshak Veli gibi din alimleri, önceleri halk arasındaki bağı canlı tutmayı ve hatta Kırgızları da din kardeşleri olarak etkilemeyi başarmışlardı. Ancak daha sonraki hanların, dinin pekiştirilmesinden ziyade siyasi nüfuzlarını artırma amacıyla çağırdıkları alimlerin arasında da rekabet ortamı doğmaya başlamıştır. Hoca Mahmud-i Azam’ın ilk oğlu Hoca Kalan (Muhammed Emin) ile torunu Hoca Şadi, aralarında gelişen nüfuz rekabetinden dolayı, ilim yaymaları ve ülkeyi birleştirmeleri gerekirken, devletin büsbütün parçalanmasına sebebiyet vermişlerdir. Zira bir süre sonra hocaların sayıları artmış ve dini amaçların yerini siyasi menfaatler almıştır ve bundan sonra da olaylar artık çığırından çıkmıştır.