1468’de Timur İmparatorluğu tarafından yıkılmış ve 1500’de Muhammed Şeybani Han (1451–1510) tarafından yeniden kurulmuştur. (Bu hanlık Özbek Hanlığı olarak da bilinir.)

Muhammed Şeybani 1506 yılında Buhara’yı ele geçirmiş ve 1561’de yönetim merkezini Buhara’ya taşıdığı için Hanlık, Buhara Hanlığı olarak anılmaya başlamıştır. Şeybani ya da Şibanoğulları Hanlığı 1599’da yılında Astrahan Hanlığı kökenli olan Can Han’ın oğulları Din Muhammed, Bakî Muhammed ve Vali Muhammed kardeşler tarafından yıkılmış ve Buhara Hanlığı Astrahan Hanları hanedanının (ya da Canoğulları) eline geçmiştir.

Şeybani hanları

Ebu’l Hayır (1429-1468)

Muhammed Şeybani (1500-1510)

Köçkuncu (1510-1531)

Müzafferreddin Ebu Said (1531-1534)

Ebu’l Gazi Ubeydallah (1534-1539)

I. Abdallah (1539-1540)

Abdüllatif (1540-1552)

Nevruz Ahmed (1552-1556)

I. Pir Muhammed (1556-1561)

İskender (1561-1583)

II. Abdallah (1583-1598)

Abdül Mumin (1598-1598)

II. Pir Muhammed (1598-1598)