Ağa Muhammed Şah, çocukken kısırlaştırıldığı için çocuğu bırakmamıştır. Sadrazam İbrahim Karantar Şirazi Fars valisi Sultan Baba Han’ı getirerek Feth Ali Şah olarak tahta çıkarmıştır.

1798’de Feth Ali Şah, Azerbaycan’da Sadık Han Şagagi, Güney İran’daki Muhammed Han Zand, öz kardeşi olan Hüseyin Kuli Han ile mücadele etmiştir.

1801’de Fars memurları (‘Tacik’)’nın güçünü azaltmak amacıyla sadrazam İbrahim Karantara Şirazi’yi azlederek idam etmiştir. Tebriz’e Veliaht Abbas Mirza’yı tayin ederek Azerbaycan’ı kontrol altında tutmaya çalışmıştır. Bundan sonra Kaçarların veliahtları hep Tabriz valisi olmuştur.

1800’de Doğu Gürcistan Rusya’ya ilhak edilmiş ve bunu kabul etmeyen Kaçarlar ile Rusya arasında 1804’den sorna silahlı çatışmalar yaşanmaya başlanmış ve Birinci İran-Rusya Savaşı patlak vermiştir.

Kaçar ordusunu komuta eden Abbas Mirza ordunun ıslahat ihtiyacını hissederek Nizam-ı Cedid’i teşkil etmiştir. Abbas Mirza Aras Nehrini aşarak Erivan’ı elde etmiş ve savaşta üstünlüğü sağlamıştır. Bunun için 1810’de Rusya barış istemiş fakat Kaçarlar reddetmiştir.

1812’de Aslan Decu’da kesin yenilgiye uğradıktan sonra Britanya’nın aracılığıyla 13 Eylül 1813’te Gülistan Antlaşması imzalanmış ve Kaçarlar Gürcistan ve Kuzey Azerbaycan’ı kaybetmiştir.

Aynı dönemde Osmanlı ile de savaşmış ve Bağdat’ın kapısına dayanmıştır. Ancak yine Britanya’nın aracılığıyla Erzurum Antlaşması imzalanmış ve Kasr-ı Şirin Antlaşmasında belirtilen sınırları tekrar onaylanmıştır.

1836’de Feht Ali Şah’ın yaklaşık 100 çocuğundan Muhammed Şah tahta çıkmıştır. Bu dönemde Britanya güneyden İran’ı yarı sömürgesi yapmaya başlamıştır.

İsmaililiğiin önderi Ağa Han isyanı ettiyse de bastırılarak Hindistan’a sığınmıştır. 24 Mart 1844’de Seyyid Ali Muhammed vahiyin indiğini ve kendisinin gayba eden imam olduğunu iddia ederek Babiliğini örgütlemeye başlamıştır. Babiler Kaçarların siyasetini, mevcut Şiiliğini ve başta Rusya ve Britanya olmak üzere Avrupalıların sömürgeciliklerini eleştirmiştir.

1848’de Muhammed Şah öldüğünde Babiler isyan etmiş ve Nasreddin Şah Rusya’nın yardımıyla Babileri bastırmaya çalışmıştır. Babileri bastırmakla başarılı olan sadırazam Emir Kabir İran’ın ıslahatını başlatmış ancak 1852’de Nasreddin Şah tarafından öldürülünce ıslahat hareketi de sona ermiştir.

1870’da Kaçar Hanedanının ekonomisi ifras etmiş ve Avrupalı yatırımcılara ekonomik ayrıcalık haklarını vermeye başlamıştır. Böylece İran, Rusya ve Britanya’nın yarı sömürgesi haline gelmiş ve dünya ekonomisinin de parçası olup dışarıdan ucuz malları girdikleri için İran’ın ekonomik gücü zayıflamıştır.

Britanya’ya gizlice tütün üretimi ve satışının 50 yıllık hakkını tekel olarak verilmiştir. 1890’de İstanbul’da çıkan Akhtar gazetesi tarafından bu ortaya çıkarılınca İran’da ulemalar ve bazariler ‘Tütün Kıyamı’ adlı protest hareketini başlatmış ve Kaçar Hanedanı tütün ile ilgili ayrıcalık haklarını Britanya’dan geri almıştır.